A Szabolcs megyei Bercelen született 1747-ben sokgyermekes birtokos nemesi családban. A rendkívül jó kiállású, daliás termetű és szinte emberfeletti testi erővel megáldott fiatalember 1765-ben került Mária Terézia testőrségébe.

Az igazi iskolát, az alapos és mély műveltséget bécsi tartózkodása során szerezte meg, nyelveket tanult, megismerkedett a felvilágosodás francia és angol gondolkodóinak, íróinak műveivel, Voltaire-t és Rousseau-t tanulmányozta. Az 1770-es évek elején indult írói pályája, 1772-től sorra adták ki műveit, amelyek közül az Ágis tragédiáját a magyar irodalmi megújulás előhírnökének, a magyar felvilágosodás kezdetének tartanak.

1773-ban kilépett a testőrségből, de Bécsben maradt, s a császári udvarban a magyar protestánsok ügyeinek intézője lett. Ebben az időben született munkái közül kiemelkedik A filozófus című vígjátéka. 1777-ben megjelent Mária Terézia oktatásügyi rendelete, amely állami irányítás alá vette az addig egyházi oktatást. A református Bessenyei támogatta a rendeletet, mert az lehetőséget adott a nemzetiségi nyelvek, így a magyar tanítására is.

Az egyházi autonómiához ragaszkodó reformátusokkal támadt vitája végül 1778-ban szakításhoz vezetett, egy évvel később áttért a katolikus hitre. Ezekben a viharos években keletkeztek a művelődési elképzeléseit kidolgozó röpiratai, A Magyarság és a Magyar Néző.

1780-ban Mária Terézia udvari könyvtárossá nevezte ki, egy év múlva a Der Mann ohne Vorurteil (Az előítéletek nélküli ember) című német nyelvű lap szerkesztője lett.

Ekkor írta meg az Egy magyar társaság iránt való jámbor szándék című tanulmányát, amelyben kifejtette, hogy a közboldogság eléréséhez nélkülözhetetlen a tudományok elterjesztése, ehhez viszont szükséges az anyanyelv pallérozása, amelyet egy tudós társaságnak, akadémiának kell irányítania. II. József császár Bessenyeit elbocsátotta állásából, megvonta évjáradékát, így az író visszatért szülőfalujába.

1787-ben a családi perpatvarok elől Pusztakovácsiba (ma Bakonszeg) költözött, 1790-ben Bihar megye táblabírája lett. 1802 és 1804 között írta meg a Tariménes utazása című szatirikus-utópisztikus állambölcseleti regényét.

1804-től végleg felhagyott az írással, s miután a cenzúra nem engedélyezte műveinek kiadását, maga gondoskodott sorsukról, kéziratait a Nemzeti Múzeum Könyvtárának, másolataikat a sárospataki kollégium könyvtárának adományozta. Magányosan halt meg 1811. február 24-én Pusztakovácsiban, végrendeletében azt kérte, mellőzzék a temetésén az egyházi szertartást. Hamvait 1940-ben Nyíregyházára szállították át.