Zalaegerszegen született, családja délvidéki származású volt. Ő egyszerre vallotta magát magyarnak, szerbnek és zsidónak. 1927 és 1930 között Csók István növendékeként a Képzőművészeti Főiskolán tanult. Ebben az időszakban csatlakozott Kassák Lajos avantgárd folyóirata, a Munka művészeti csoportjához. Legelőször - egy csendélettel - a Nemzeti Szalon 1928-as kiállításán mutatkozott be.

1930-ban Párizsba ment, ahol Korniss Dezsővel együtt Fernand Léger francia festőnél tanult. Itt ismerkedett meg a kubizmussal és a szürrealizmussal, és készítette el első fotómontázsait is, miközben ólomkatonák színezésével kereste kenyerét. 1934-ben visszatért Magyarországra, ahol a népi képzőművészetet kezdte kutatni. Bartók és Kodály gyűjtőmunkáját példának tekintve, Korniss segítségével Szentendrén és Szigetmonostoron gyűjtötte a népi motívumokat. A helyszínen rajzolta le az ablakokat, házak homlokzatát, a kapupilléreket, a sírköveket vagy a parasztszekereket, amelyeket később egymásra kopírozott, vagy szétvágott és montázst készített belőlük. A jelenségek gyökerét, az ősképet a népművészetben találta meg. Ő fogalmazta meg az ún. "konstruktív-szürreális  sematikát", amely nagyban különbözik a párizsi montázs-technikától.

1935-ben ismerkedett meg Richter Júliával, későbbi feleségével, aki bár eredetileg a budapesti Iparművészeti Főiskola textil tanszakán tanult, az ő hatására lett festő. A nehéz körülmények között élő és dolgozó, csonttuberkolózisban szenvedő művésznek sokszor az egyetlen örömet a Pozsonyban lévő menyasszonnyal folytatott levelezés nyújtotta. 1936-37 között íródott szerelmes leveleik napjainkban egy gyönyörű bibliofil kiadásban láttak napvilágot. Érdekesség, hogy legjobb barátja, Bálint Endre - miután Vajda feleségül vette Júliát -, annak húgát, Irit vette nőül.

1937-ben barátai segítségével egy kisebb kiállításon mutatta be műveit. Származása, és művészi hitvallása miatt hivatalos támogatásra nem számíthatott. 1938 és 1940 között egyre jobban hatottak rá a világból érkező negatív hullámok. Erre az időszakra tehetőek maszkos ábrázolásai, apokaliptikus látomásai. 1940. szeptemberében behívták munkaszolgálatra, de egészségi állapotára való tekintettel - tuberkolózisa már tüdejére is átterjedt - három hét múlva hazaengedték.

1941. szeptember 7-én, tragikusan fiatalon, mindössze harminchárom évesen halt meg Budakeszin, a tüdőszanatóriumban. Rövid művészi pályája során absztrakt kompozícióival, szürrealista montázsaival, ikonszerű önarcképeivel, a paraszti élet használati tárgyaiból és a vallási kultusz eszközeiből felépített rajzaival, képeivel, kollázsaival szerzett hírnevet.  Művészete a magyar avantgárd piktúra legegyénibb terméke, életműve máig ható.