Temetéséről később intézkednek. Göncz Árpádot 25 éve, 1990. augusztus 3-án választotta az Országgyűlés köztársasági elnökké, ezzel ő lett a rendszerváltozás utáni Magyarország első államfője.
    

Az első szabad választások után az új Országgyűlés alakuló ülésén házelnök lett, és ő látta el az ideiglenes köztársasági elnöki teendőket is. A Magyar Demokrata Fórum és a Szabad Demokraták Szövetsége megegyezése alapján választotta a parlament augusztusban öt évre a Magyar Köztársaság elnökévé, majd mandátumának letelte után, 1995. június 19-én újraválasztották.
    

Államfőként törvények százait ellenjegyezte, normakontroll kérésére feljogosító jogkörével kilenc alkalommal élt. Egy alkalommal ő maga kezdeményezett törvényt: indítványozta a nemzeti, etnikai, faji vagy vallási csoport elleni gyűlöletre uszítás bűncselekménnyé nyilvánítását. Elnöksége idején ő volt Magyarország legnépszerűbb politikusa.
    

Göncz Árpád életében több kitüntetésben részesült, sok rangos egyetem fogadta díszdoktorává, több város díszpolgárává. 2000-ben az amerikai kormány díjat alapított a tiszteletére, melyet évente adnak olyan magyar embernek, aki kiemelkedő teljesítményt nyújt a demokrácia és az emberi jogok érvényesítésében.
    

2012-ben, 90. születésnapja alkalmával gyermekei elhatározták a Göncz Árpád Alapítvány létrehozását az író-műfordító-politikus életének és munkásságának bemutatására, az 1956-os forradalom emlékének, a magyar demokratikus és szabadelvű hagyományok ápolására, valamint művei és róla szóló művek megjelentetésének elősegítésére.