Jonest 1969. július 3-án találták holtan Londonhoz közeli, Sussex grófságbeli házának úszómedencéjében egy kerti mulatság után. Azóta sem derült ki egyértelműen, hogy a zenész hogy került a vízbe. A hivatalos halottkémi jelentés véletlen szerencsétlenséget állapított meg, de a találgatások azóta is terjengnek. Forog például olyan változat, hogy az erősen drogos Jones összeszólalkozott egy felszolgálóval, aki belökte őt a medencébe, de vádat senki ellen nem emeltek az elmúlt negyven évben.
Most azonban a sussexi rendőrség közölte: egy nyomozó újságíró új értesüléseket adott át a 27 évesen elhunyt, a Rolling Stonesból akkor már kivált Jones halálának körülményeiről, és ez indokolttá teszi a vizsgálati akta újbóli átnézését. A hatóságok nem árultak el részleteket arról, hogy milyen jellegű információhoz jutottak, és egyelőre a nyomozás hivatalos újraindítását sem jelentették be.

Jones - teljes nevén Levin Brian Hopkins-Jones - sokak szerint a banda zeneileg legtehetségesebb tagja volt, finom hangszereléseit, szólóit olyan híres dalok őrzik, mint az As Tears Go By, a Lady Jane, a Paint It Black és főleg a Ruby Tuesday.

A hatvanas évek végére azonban az érzékeny, zenei különlegességekre fogékony gitáros szinte teljesen eltávolodott a többiektől - nem használt a viszonynak, hogy Mick Jagger és Keith Richards is elszerette egy-egy barátnőjét -, végül 1968 végén otthagyta a Stonest.

Halála után az együttes negyedmillió rajongó előtt tartott emlékkoncertet a londoni Hyde Parkban.