Rendkívül sokoldalú szerző volt. Életművében verseskötetek, esszék, emlékiratok és kritikák is megtalálhatók, de prózai alkotásai révén vált igazán sikeressé és közismertté. Pályakezdésére a New Yorker folyóirat képviselte íráseszmény volt nagy hatással, melynek jegyében Updike is az amerikai középrétegek átlagélete és a kisvárosi lét banalitása felé fordult írásaiban. Ezt, a szociológusok által később Middle-Americának keresztelt világot, az eseménytelen kisvárosi középszerűséget mutatta be; köznapiságát és stílustalanságát ruházta fel Updike is némi jelentőséggel és értékkel. A rövidebb prózaformákban is kipróbálta magát, kritikusai szerint tehetségének leginkább a novella műfaji keretei feleltek meg. Pályakezdésének legfontosabb és talán a legjobb kisprózai alkotásait tartalmazza az Ugyanaz a kapu (1959) és a Galambtollak (1962).

Az igazi sikert a regényírás és elsősorban a Nyúl-sorozat hozta meg Updike számára. A Nyúlcipő (1960) című regényében "mutatkozik be" a sorozat főhőse, Harry Angstrom - középiskolai gúnynevén csak Nyúl -, az amerikai átlagpolgár megtestesítője. Középiskolai kosárlabdás sikerei után Nyúl a kiúttalan kisvárosi mindennapokba süllyed, amit néha tudomásul vesz, néha pedig kitörési kísérletekkel próbál kiszabadulni a sivár életforma börtönéből. Nyúl alakja különösen foglalkoztatta Updike-ot, nagyjából évtizedes szünetekkel többször tért vissza karakteréhez.

A Nyúlketrecben (1971) Harry már harminchat éves és rádöbben arra, hogy életét tönkretette felesége hűtlensége. A folytatásban (Nyúlháj, 1981) Nyúl már középkorú és gazdag. A tetralógiát az 1990-ben napvilágot látott, Pulitzer-díjas Nyúlszív zárja. Az 1980-as évek AIDS-szel fertőzött, hanyatló Amerikájában hanyatlik maga Nyúl is, aki halála előtt csak "fekete űrt" lát maga körül. A Nyúl-tetralógia az "átlag-Amerika" négy évtizedének krónikája. A négy köteten felül Updike egy 182 oldalas novellát is szentelt hősének, 2001-ben pedig újabb kötet jelent meg: a Nyúlfark és más történetek címet viselő folytatás a negyedik kötetben sírba küldött Nyúlról, azaz Harry Angstromról szól, akinek emlékét ezúttal törvénytelen leánya támasztja fel.

A racionális és a misztikus világkép évezredes küzdelme is jelen van Updike bizonyos írásaiban. A legtekintélyesebb amerikai irodalmi kitüntetést, a National Book Award in Fiction-t kapta Updike A kentaur (1963) című regényért, amely egy kisvárosi tanár megpróbáltatásának krónikája mitológiai kerettörténetbe ágyazva. A misztikum, a hagyományok és babonák világába vezeti olvasóját Az eastwicki boszorkányok, amelyből nagysikerű filmet is forgattak.

A posztmodern hatására Updike megpróbálta közelíteni egyéni stílusát a modern irodalmi stílus egynéhány vívmányához. Sajátosan posztmodern jegyeket hordoz az Így látta Roger (1986) és az S (1989). Utóbbiban Nathaniel Hawthorne A skarlát betű című 1850-ben megjelent regényét veszi revízió alá. Az Isten velünk vonul (1996) című többgenerációs családregényének egyik szereplője egy lelkész, akit a korabeli természettudományos-ateista irodalom megingat hitében. Finom paradoxon, hogy munkájának folytatására egyházának moderátora a relativitás- és a kvantumelmélettel próbálja rábeszélni.

2006-ban látott napvilágot nagy vitákat kiváltó regénye A terrorista címmel. Az írót sokan bírálták, mert "megértéssel, majdnem szeretettel" ábrázolja Ahmadot, az iszlám középiskolába járó diákot, aki családi okok miatt a vallási fundamentalizmusba menekül és akit a terroristák beszerveznek a Lincoln-alagút felrobbantására.

Updike egyéni stílusa, rugalmassága és a másfajta irodalmi irányzatokra való nyitottsága a XX. századi modern amerikai irodalom egyik legjelentősebb elbeszélőjévé tette. Magyarul regényei olyan fordítók tolmácsolásában olvashatók, mint Göncz Árpád, Réz Ádám, Ungvári Tamás.