Az egyetemi autonómia évszázadok óta megkérdőjelezhetetlenül fontos és nélkülözhetetlen egyetemes érték, amely az európai kultúrában gyökerezik; és mint ilyen, a magyar jogállamiság és demokratikus értékrendszer szerves részét képezi. Az „európai egyetem” alighanem a nyugati világ egyik leghosszabb folyamatos történettel rendelkező társadalmi alapintézménye.  

A felsőoktatás hagyományos, lassan évezredes autonómiája elengedhetetlen feltétele a tevékeny, produktív oktató- és kutatómunkának. A felsőoktatási autonómiával összefüggésben az európai egyetemek autonómiáját rögzítő kiáltvány, a Magna Charta Universitatum az egyetemek politikai és gazdasági hatalomtól való elkülönülését hangsúlyozza, és az egyetemek erkölcsi, szellemi függetlenségét emeli ki: ezt a fajta függetlenséget jóval lényegesebbnek tartja a gazdasági autonómiánál. 

Ezt a jogot bontja ki a hazai felsőoktatás eddigi szabályozása során is alapul vett Magna Charta Universitatum négy alapelve. Ezek rögzítik, hogy az egyetem autonóm intézmény, és ahhoz, hogy teljesíthesse feladatát, a kultúra értékeinek létrehozását és átadását, minden politikai, gazdasági és ideológiai hatalommal szemben függetlennek kell lennie. Mindezeken felül az egyetem működése során nélkülözhetetlen a kutatás, az oktatás, a képzés szabadsága, amelynek tiszteletben tartását az államhatalomnak és az egyetemeknek saját illetékességi körükön belül biztosítaniuk kell. 

Ezen elvekkel összhangban áll hatályos Alaptörvényünk, amely a Szabadság és felelősség címet viselő részében deklarálja, miszerint Magyarország biztosítja a tudományos kutatás és művészeti alkotás szabadságát, továbbá – a lehető legmagasabb szintű tudás megszerzése érdekében – a tanulás, valamint törvényben meghatározott keretek között a tanítás szabadságát. A felsőoktatási intézmények a kutatás és a tanítás tartalmát, módszereit illetően önállóak, szervezeti rendjüket törvény szabályozza. 

Az SZFE autonóm intézmény, amely oktatással, művészeti tevékenységgel és tudományos kutatással hozza létre és adja át a kultúra értékeit. Az egyetem oktatási, művészeti és kutatási tevékenysége elválaszthatatlan egymástól. Az újraértelmezett tradíciókra építve és a társadalmi folyamatokra is figyelve követnie kell a diszciplínák változásait. Erkölcsi és szellemi értelemben függetlennek kell lennie minden politikai és gazdasági befolyástól. Az oktatás, a művészet és a kutatás szabadsága az SZFE működésének alapelve; ezt a mindenkori fenntartónak és az egyetemi közösségnek tiszteletben kell tartania.  

A türelmetlenséget elutasító, a párbeszédre mindig kész egyetem a tanárok és diákok együttműködésének kivételezett helye. A tanároké, akik képesek ismereteik átadására és rendelkeznek mindazon eszközökkel, amelyek tudásuk továbbfejlesztéséhez szükségesek; a diákoké, akik jogosultak, alkalmasak és készek ismereteik gyarapítására.  

Az SZFE európai és magyar egyetemként a humanista hagyományok letéteményese, folyamatosan törekszik az egyetemes ismeretek  gyarapítására és megosztására, küldetésének teljesítése érdekében nem vesz tudomást földrajzi vagy politikai határokról, és hangsúlyozza a kultúrák kölcsönös ismeretének és kölcsönhatásának parancsoló szükségességét. 

Az egyetemi közösség minden tagjának elemi joga, hogy hozzájusson azokhoz az eszközökhöz és lehetőségekhez, amelyek révén megőrizhető a az oktatás, a művészet és a kutatás szabadsága. 

A tanárok kiválasztásánál, valamint jogaik és kötelezettségeik meghatározásánál annak az elvnek kell teljesülnie, hogy a művészeti tevékenység és a tudományos kutatás elválaszthatatlan az oktatástól.  

Az egyetemnek biztosítania kell a hallgatók szabadságát és azokat a feltételeket, amelyek között tanulmányaikat eredményesen folytathatják, az egyetemes emberi értékeket elsajátíthatják, esküjükhöz híven, a magyar kultúra felvirágoztatásának szolgálatában.  

Az egyetemi közösség kötelezi magát, hogy mindent megtesz annak érdekében, hogy a mindenkori fenntartó (valamint a nemzeti és a nemzetek feletti, illetékes szervezetek és intézmények) az SZFE működésének feltételeit a fentebb kihirdetett alapelvek és eszközök tiszteletben tartásával alakítsa ki és biztosítsa.