Nagykárolyban született 1880. június 10-én. Apja korán meghalt, anyja a szatmári irgalmas nővérek zárdájába küldte tanulni lányát. Itt szerzett tanítónői oklevelet, s egy évig a miskolci irgalmas nővérek zárdájában tanított. 1899-ben beiratkozott az Erzsébet Nőiskolába, ahol 1902-ben szerzett polgári iskolai tanári oklevelet, s a miskolci polgári leányiskola tanára lett. 1905-ben feleségül ment Frőlich Brúnó erdőmérnökhöz, akitől egy évvel később megszületett László nevű fia.

Az írással még tanítóképzős korában "eljegyezte magát", a századforduló költészete, főként Kiss József, Heltai Jenő, Makai Emil művei hatottak rá. Verseit, amelyekben - szakítva a konvenciókkal - a hétköznapi lét apró mozzanatait, rezdüléseit szokatlan kifejezésekkel, a közvetlen társalgási nyelv eszközeivel jelenítette meg, közölte A Hét, a Jövendő és a Magyar Géniusz. Első verseskötete 1903-ban jelent meg Versek címmel, s ekkoriban már prózai műveket, novellákat is írt.

1907-ben Budapestre költöztek, az írónő előbb az újpesti, majd az angyalföldi polgári leányiskolában tanított. Pesten bekerült az irodalmi körökbe, s hamarosan a legrangosabb folyóirat, a Nyugat is szerzői közé fogadta. Költői világa, gondolkodásmódja, irodalompolitikai nézetei Adyéhoz álltak közel, s e szellemi kapcsolódásból idővel mély barátság is született.

Házassága megromlott, 1910-ben elvált a férjétől, a válás viharait párizsi, majd római úttal akarta feledni. Ebben a válságos időszakban született meg két legjelentősebb regénye, a Színek és évek, valamint a Mária évei. 1914 fontos esztendő életében: megismerkedett Balázs Béla öccsével, Bauer Ervin orvos-biológussal, akihez még ebben az évben feleségül ment. Ugyanekkor jelent meg az Állomások című regénye is, amelynek női főhősei már a férfiakéval egyenrangú, teljes alkotó életet élhetnek.

Az első világháború kitörése után végleg szakított a tanári pályával. A háború felháborította és elborzasztotta, s érzéseinek kezdetben pacifista, majd egyre forradalmibb versekben adott hangot. 1915-ben férjét a temesvári kórházba rendelték szolgálatra, Kaffka Margit ettől kezdve Budapest és Temesvár között ingázott. Közben újabb regényt írt Hangyaboly címmel, amelyben a zárdában töltött gyermekéveit elevenítette fel. (A műből 1971-ben Fábri Zoltán rendezett nagy sikerű filmet.) Életének utolsó időszakában publicisztikai munkássága is kiteljesedett, írásainak nagy részét a Pesti Napló közölte. 1918-ban több kötete is megjelent, s a Vörösmarty Akadémia is tagjai sorába fogadta.

Októberben még lelkesen üdvözölte a polgári forradalmat, november végén az egész Európán végigsöprő spanyolnáthában fiával együtt Kaffka Margit is megbetegedett. Kórházba szállították, ahol 1918. december 1-jén meghalt, fia csak egy nappal élte túl.